Höchstwahrscheinlich siedelten am Trasimeno-Nordufer zunächst die Umbrer, bevor diese von den Etruskern an die östlichen Ufer des Tiber vertrieben wurden. Unter den Römern erhielt die Siedlung ihre erste Verteidigungsanlage mit einem Turm. Zusammen mit der Feste von Monteruffiano kontrollierte sie den historischen nördlichen Durchgang - für Jahrhunderte der einzige Verkehrsweg zwischen dem Norden und dem Zentrum der Halbinsel. Daher stammt vermutlich auch der Name des Ortes Passignano: Passinianum, also Platz des Durchgangs - von der verbalen Grundform Passinius oder Passenius. Passignano wurde 217 v.Chr. ohnmächtiger Zeuge der berühmten strategischen Falle Hannibals, die den Konsul Flaminius und 15.000 Römer das Leben kostete. Die Festung entstand unter den Langobarden im 5. und 6. Jahrhundert. Später wurde die Stadtmauer hinzugefügt. Ihre endgültige Form erhielt die Festung nach 1100 - in der Zeit, als Passignano unter die Herrschaft von Perugia geriet, das auch die Wegehoheit und damit die Kontrolle über das gesamte Terrain gewann. Die Festung hatte drei Tore, zahlreiche Türme und Türmchen. Zur Seeseite hin war sie offen. Im frühen 19. Jahrhundert wurde das Mauerwerk auf Befehl des Kirchenstaats zerstört, nicht zuletzt um Baumaterial für eine höher gelegene Poststraße zu gewinnen, die nicht mehr vom Wasser des Sees überschwemmt werden konnte. Nur der nördliche Teil des Mauerwerks blieb erhalten.Die Bedingungen eines Durchgangsorts - nicht nur zwischen Florenz und Perugia, sondern auch zwischen Tyrrenischem und Adriatischem Meer - machten Passignano schon seit dem Mittelalter zu einem lebendigen und blühenden Zentrum, reich an Gaststätten und Unterkünften. Das war der Beginn seiner Rolle als Reiseziel, die ihren Höhepunkt Anfang des 20. Jahrhunderts durch die Gründung der trasimenischen Schiffahrtsgesellschaft erreichte. Deren erstes Dampfschiff, die "Concordia", brachte 1907 Königin Margherita von Savoyen über den See. Später wurde eine Ausbildungsstätte für Wasserflugzeug-Piloten gegründet. Bald siedelte sich auch die Fabrik SAI Ambrosini an, berühmt nicht durch für den Flugzeugbau, sondern auch für die aus ihrer Werft stammenden Weltcup-Segler "Il Moro di Venezia", "Azzurra" 3 und 4 und viele andere.